Czaszka składa się z wielu płaskich kości połączonych szwami. W czaszce rozróżniamy części: mózgową (chroniącą mózgowie) i twarzową (osłaniającą narządy zmysłów - wzroku, słuchu i statyczny, czyli równowagi). Umowną granicę między obu częściami stanowią oczodoły.
    Należy pamiętać, że koń podczas odpoczynku bądź snu nie opuszcza głowy w dół ani jej o nic nie opiera. Głowa jest jednak duża i ciężka, nie mogą więc utrzymywać jej mięśnie, gdyż szybko uległyby zmęczeniu. Utrzymuje ją, zbudowane z tkani łącznej, więzadło karkowe.
    Na szczególną uwagę zasługuje uzębienie konia. Dorosłe samce mają w żuchwie (szczęce dolnej) 20 zębów: 6 siekaczy (2 cęgi, 2 średniaki, 2 okrajki), 2 kły, 6 przedtrzonowych i 6 trzonowych. Podobne uzębienie występuje w szczęce (szczęce górnej). Dorosły ogier ma ogółem czterdzieści zębów. U klaczy kły albo nie występują w ogóle, albo znajdują się tylko w żuchwie lub tylko w szczęce i są silnie uwstecznione.